VOC yang semula hanya berbentuk sebagai kongsi atau perserikatan dagang, dalam praktiknya menjelma seperti pemerintah penjajah. Daerah-daerah di nusantara dalam waktu hanya dalam beberapa tahun berhasil diduduki VOC dengan kekerasan bersenjata dan tipu muslihat. Oleh sebab itu, di setiap daerah seperti Mataram, Banten, Ambon, Aceh, dan Makassar, banyak terjadi perlawanan rakyat pada dominasi VOC itu. Namun, sebab sifat perlawanan yang masih kedaerahan dan kesenjangan dalam persenjataan, akhirnya perlawanan rakyat itu dapat dilumpuhkan. Setelah perlawanan rakyat lumpuh, VOC memberlakukan sistem monopoli perdagangan dan turut mengatur sistem pemerintahan yang berlaku.
Penjelajahan samudra untuk mencari daerah baru yang dilakukan bangsa Eropa sudah menjadi penjajahan atau kolonialisme. Kolonialisme adalah harapan suatu bangsa untuk menaklukkan bangsa lain dalam bidang politik, ekonomi, eksploitasi ekonomi, serta penetrasi kebudayaan. Apabila bangsa kolonial itu mempunyai berbagai koloni di daerah lain, dan berupaya menyatakan koloninya itu menjadi satu sistem usaha, maka usahanya itu dinamakan imperialisme.
Karena sudah terjadi kolonialisme dan imperialisme di tanah air, maka timbullah bermacam-macam bentuk perlawanan di bermacam-macam daerah. Di bawah ini diuraikan beberapa perlawanan rakyat pada kolonialisme yang dilakukan VOC dan Portugis di nusantara.
